2. Dilirik menjadi Cawapres Megawati Soekarnoputri
Dalam Pemilihan Presiden atau Pilpres 2009, Dewan Pimpinan Daerah PDIP DKI Jakarta pernah mengusulkan nama Djoko Santoso, yang ketika itu masih menjabat sebagai Panglima TNI, menjadi calon wakil presiden Megawati Soekarnoputri. Selain Djoko Santoso ada juga mantan Kapolri Sutanto.
Simak juga: Panglima TNI Djoko Santoso Tolak Dampingi Megawati
Namun, dia menolak karena ingin fokus pada institusi TNI. "Saya tidak berminat untuk masuk atau terjun dalam kancah politik praktis," kata dia di Markas Besar TNI di Cilangkap Jakarta, Rabu, 28 Januari 2009. Djoko Santoso kala itu juga menegaskan pentingnya netralitas TNI.