Di bidang politik, Muchdi sempat menjadi Wakil Ketua Umum Partai Gerindra setelah ikut membidani partai tersebut. Namun, pada 23 Februari 2011 Muchdi berbalik haluan dan bergabung dengan Partai Persatuan Pembangunan.
Simak juga: Muchdi Dukung Jokowi, Moeldoko: Tak akan Ada Perlindungan Hukum
Kendati PPP mengusung Prabowo-Hatta Rajasa di pilpres 2014, Muchdi malah mendukung Jokowi-Jusuf Kalla. Dia bergabung dengan Relawan Matahari Indonesia dan ikut memenangkan Jokowi.
Muchdi tak terlalu kerap muncul hingga pada 2018 dia bergabung ke Partai Berkarya yang dipimpin anak Soeharto, Hutomo Mandala Putra alias Tommy Soeharto. Dia merapat bersamaan dengan Pollycarpus yang sudah bebas. Pollycarpus bebas bersyarat sejak 2014 dan bebas murni pada 29 Agustus 2018.
Dukungan Muchdi disambut baik oleh barisan kubu Jokowi. Cawapres Ma'ruf Amin mengaku percaya diri dengan dukungan itu. Menurut dia, Muchdi mengikuti hati nuraninya dalam melabuhkan dukungan, tidak semata-mata mengikuti arahan partai.
"Sangat apresiasi, artinya mereka tidak hanya tergantung pada partainya tapi pada aspirasi hati nuraninya," kata Ma'ruf di rumahnya, Jalan Situbondo, Jakarta Pusat, Senin, 11 Februari 2019.
Sedangkan kubu Prabowo tak ambil pusing atas bergabungnya Muchdi ke barisan pendukung Jokowi. Wakil Ketua Umum Partai Gerindra Fadli Zon mengatakan, setelah keluar dari Gerindra Muchdi sudah lama tak berkomunikasi dengan Prabowo.
Fadli juga mengklaim tak ada masalah dengan dukungan Muchdi kepada Jokowi. "Sudah ratusan jenderal hebat bergabung dengan kami," kata Fadli di Kompleks Parlemen, Senayan, Jakarta, Senin, 11 Februari 2019.
Merapatnya Muchdi Pr menambah panjang deretan purnawirawan jenderal bermasalah di kubu Jokowi. Mulai dari Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan Wiranto, Abdullah Makhmud Hendropriyono, Sutiyoso, hingga Muchdi. Deretan nama ini disinyalir terlibat dalam sejumlah pelanggaran HAM, mulai dari kasus 27 Juli 1996, penculikan aktivis 1997/1998, hingga pembunuhan Munir.
